4月5日，日本政府正式向华东政府发出了外交照会，通知华东政府派代表团于10日在长崎进行合作的协商，并且希望华东政府拿出一个详细方案来。
到这个时候，联合舰队己经五次出击，除了两次闭塞作战之外，还有三次试探性进攻，而每一次对外都是宣布获胜，再不就是大胜，其实除了第一次算是小胜，其他几次实际的战果都是乏善可陈，由其是第二次闭塞作战，几乎可以算是一场败仗。军令部也感觉到战争的严峻，毕竟对日本来说，这又是一场赌国运之战，只能赢不能输，说不定还真的需要华东政府参战。双方的协商己经推迟了一次，总不好再推了，因此也不等华东政府催促，就主动向华东政府发出了邀请。
长崎是日本海军的两大母港之一，吴港的所在地，设有海军重守府，是海军的重要基地。由于华东政府和日本的合作是非公开的，因此选在东京协商未免太引人注意了，在长崎到是要隐蔽一些。日本人之所以考虑得这么细，一方面是日本人注重细节的性格使然；另一方面也是因为华东政府救了29名日本士兵，卖给了日本一个大大的人情，因此日本政府也不得不为华东政府多考虑。
收到了日本政府的外交照会之后，华东政府立刻开始研究对策，虽然华东政府并不打算真的和日本合作，但在这个时候还是敷衍一下，而且在表面还要做得和真事一样，因此也不能太马虎了。
首先当然是确定代表团的人选，因为这次谈的不仅是有军事合作，而且还有民政管理合作，因此外事部是肯定要参与的，李三杰自然占了一个名额，其他的是海军参谋长韩超，舰队司令张威，陆军参谋长*，政委张立勇，总共是五个人，另外还有副手8人，全部是穿越战士组成，随行人员15人，共计有28人。
接下来2天，又协商华东政府的合作方案，尽管华东政府并不想和日本谈成，但也不能故意胡乱开价，毕竟这个时候的日本政府里确实是精英聚集，肯定是看得出来的，因此必须要把握好其中的分寸才行。
4月7日，华东政府的代表团从青岛出发，由于这时日俄处于战争状态，因此也没有乘座商船，而是派巡洋舰沂州号送他们去长崎。
9号下午3点，沂州号到达长崎，日本外相小村寿太郎、海军大臣山本权兵卫两人为首，在码头迎接他们一行，并且安排了十分隆重的欢迎仪式，仪仗队、军乐队都一应具全。就连明治天皇也专程派养子东伏见宫亲王为使者，也来一起迎接，同时也是感谢华东政府救了29名日本士兵，并且还为代表团的成员颁发了皇室的勋章。结果在码头上足折腾了一个多小时才算完。
日本方面又为代表团一行准备了华丽的4轮马车，将他们一行送到下榻的饭店里。而在沿路上看到街道边，店铺前挂满了日本国旗、海军军旗，以及庆贺作战胜利的条幅，以及支持日俄战争的宣传单，而且在街头上还有不少的游团、演说团体，以及穿着仿制的日本军服的少年人，或是高呼口号，或是发表演说，并且还都吸引了大量的人群围观，不时还有人拍手叫好。
时间不长，一行人马就到了饭店里，众人入住之后，休息了一会儿，日本方面又为代表团一行准备了丰盛的宴全，菜肴中日两式都有，并且还有日本传统的文艺表演。总之日本方面在礼仪规格方面做得非常周道。
上午10点，双方正式举行协商会谈，除了小村寿太郎、山本权兵卫、东伏见宫亲王之外，还有昨天连夜赶过来的陆军参谋总部次长儿玉源太郎和作战部部长松川敏胤大佐，组成了日方的谈判成员。
协商开始之后，儿玉源太郎首先道：“现在日俄己经开战，只靠我们日本独力对抗俄国，确实有些吃力，如果贵众能够出兵相助，当然是再好也不过了，只是不知贵众的出兵计划是怎样的？”
韩超道：“上一次会谈之后，我们一直都在准备，现在随时可以出动陆军3-4个师，其中每个师确使有火炮超过80门；海军方面可以出动10艘左右军舰，包括有2艘战列舰、2艘大型装甲巡洋舰。而到了10月份，估计才以出动10个陆军师；海军可以出动20艘军舰。”
日方代表互相看了一眼，儿玉源太郎道：“实不相瞒，日本陆军计划在5月份有所行动，预计要投入10-12个师的兵力，分别从两处地方登陆上岸，如果你们在5月份能够出动6个师，也选择两个登陆地，形成4箭齐发的局面，可以一举击败俄军。”
*摇了摇头，道：“对不起，如果是在5月份，我们最多只能出动4个师，而且要进行登陆作战，还需要海军的配合，以及足够的运输船只，我们恐怕只能出动3个师，最多只能在一个地点登陆。”
张威道：“如果只是掩护陆军登陆，海军可以做到，但要运送陆军上岸，还装备物资，目前海军也难以做到，因为这要事先征集到足够的运输船只，估计只有到了6月才能完成。”
这时山本权兵卫道：“贵众在海军方面，能不能多出动一些军舰，战列舰就不用了，最好是巡洋舰，现在俄国的海叁崴分舰队在袭击我们的运输线，而我们的舰队主要在旅顺方向作战，无力驱逐俄国舰队，保护海上运输线，希望贵众的海军能够提供这方面的帮助。”
张威道：“据我们所知，俄国军舰的活动范围主要是在日本海一带，这一海域离我们大约是1500-2500公里之间，因此让我们去帮助日本护航，劳师远征，消耗太大了，另外在信息交流方面，也存在不少的问题，我认为到不如由日本方面从联合舰队中抽调一部份军舰负责护航的工作，而我们的军舰则可以补上日本在旅顺方向的缺口，这样一来，日本的军舰在自己熟悉的海域内护航，而且路程短，补济方便，信息交流也没有障碍。而在旅顺方向上，则离我们较近，我们的军舰出动、补济都要容易一些，这样安排对我们双方都合适一些。”
其实日本海陆军提出的这两个要求都是有目地的，陆军方面己经制定了朝鲜半岛方向和大连方向的登陆作战计划，德国的退役少将雅各布*梅克尔给日本陆军参谋本部提了一个建议，认为日军在朝鲜半岛和大连方向的登陆作战应是佯攻，旨在牵制俄军的兵力，然后集中主力出其不意地在锦州附近登陆，向奉天（沈阳）方向攻击前进。
梅克尔少将是德国卓越的战术家，曾担任过德国参谋本部次长、并在徳国陆军大学任教，后来的德国名将多出于他的门下。由于梅克尔曾在1885年来到日本，执教陆军大学三年，带出了第1至6期的学员，被誉为日本陆军近代化的指导者，因此他对日本陆军很有好感，尽管现在梅克尔己经退役了，但得知日俄开战后，仍然关注日本陆军，于是给日本陆军出谋划策。
虽然日本陆军参谋本部并不赞同从锦州向辽东半岛迂回的作战方案，因为这样将战线拉得太长了，后勤的压力太大，但也确实给了陆军部一个提示，即然华东政府希望参战，到不如把在锦州登陆的任务交给他们去做，让人民军先在锦州登陆，这样就能够吸引相当一部份俄军的兵力，然后日军再从鸭绿江方向进攻，压力就大大的减轻了。
而海军的想法比陆军更甚，干脆把护航，保卫交通线这类的脏活、累活都交给华东政府去做，这样费力也不讨好，就算最终战胜了俄国，主要的功劳还是日本的，在分配战果的时候，可以保证日本的利益最大化。
总体来说海陆两军的想法都十分矛盾，一方面想借助华东政府的军事力量，减轻日本的压力；另一方面又不希望华东政府在战斗中有太突出的表现，从而影响了日本在战后的利益分配。最好是把脏活、累活、炮灰的事情都甩给华东政府干，而日本做抢人头、出风头的事。
不过华东政府显然也不白给，在陆军方面，将出战的时间推迟到6月，但理由也是说得过去的，毕竞登陆作战确实要复杂一些，准备的时间也要长一些，而如果日本想让华东政府首先出兵，那么陆军参谋本部制定的所有计划就都要进行修改了，对日本来说显然是得不偿失的。
海军方面，华东政府的理甴就更充份了，本来日本海就在日本边上，让华东政府的军舰千里迢迢赶到日本海去护航，而近在咫尺的旅顺却交给日本舰队，这样的安排无论在那里也都是说不通的。
见双方的军人有些僵住了，小村寿太郎道：“我看俱体的战术计划先放一放，先来讨论双方合作成立联合指挥部的事情，如果联合指挥部成立了，再来协商战术计划也不迟。”
李三杰也道：“我也认为应该先协商成立联合指挥部的事情，我们好像把秩序弄颠倒了。”