这也表明了朱由栋放弃了朱国治，想朱国治在江南的名声，基本上是不能活了。这时候，汪士荣看到朱国治正在些奏疏，走过去一看，确实请辞的奏疏。汪士荣看了朱国治的奏疏，想起朱由栋的样子，不由的在心里暗道：“现在朱国治请辞，朱由栋会答应吗？”
想起朱由栋在请常延龄的时候，说的话。弄出个烂摊子，然后两手一甩，请辞不干了。当时朱由栋的态度十分憎恨，想来朱由栋是绝对不会同意的。既然不同意，那朱国治的下场。汪士荣不由的打了个冷战，然后冒出一句话来，道：“朱大人，你最好不要写这个辞呈。我觉得还是按照殿下的意思办最好，还不能说的殿下的意思。”
不管朱国治有没有听进去，汪士荣觉得自己已经尽力了。然后又想起自己的事情，自己是在军队里，要是不停周大柱的军令，自己将会是什么下场。汪士荣觉得自己也不安全的，刚才王进宝可没有丝毫顾虑，直接就去执行了。
周大柱让自己想，该怎么做，这是什么意思？汪士荣越想越觉得可怕，当即觉得，自己也应该立即去执行。否则自己恐怕比朱国治好不了对少，很有可能还等不到朱由栋来处置自己。周大柱就会执行军令，将自己直接杀了。
汪士荣经过这番的考虑，那里还敢耽搁，当即就决定出手。周大柱已经交代过了，只要汪士荣是去处置闹事的士子，复明军将士就不得阻拦。等汪士荣说清楚自己要做什么后，复明军当即就跟汪士荣一同离开了巡抚衙门。
在复明军的陪同下，汪士荣先生来到苏州大牢，查看到底抓了多少人。发现除了倪用宾外，还有其他几人，如沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等。这些人都是朱国治，前后两次抓进来的。
可是这些人中，汪士荣发现，依然没有金圣叹。有周大柱和其他复明军将领的态度，汪士荣也知道了，必定有朱由栋的默许。如果这时候还不抓捕金圣叹，估计自己也讨不了好。于是当即命令复明军将士，立即将参与哭庙的金圣叹等人抓捕归案。
周大柱知道汪士荣终于出面，当即对复明军将士道：“对于抓捕，你们直接听汪士荣的就好。将来这些人杀不杀，殿下会决定的。现在尽量配合汪士荣，让他们出面去处理。”有了周大柱的默许，还有王进宝的配合。顿时整个江苏都沸腾了，复明军到处抓人，一副兵荒马乱的场景。
接下来的几天时间里，无数的江南名士被抓。只要是参与了哭庙的人，不管是世家大族，还是地方名人。甚至还有很多凑热闹的人，他们是刚取了满清功名的新科进士。如薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、蒋如斗、唐尧治、冯郅等人。这些人中也不乏是有明朝功名的人，但是现在一视同仁，全部被抓进了巡抚大牢。
本来蒋如斗没有参与第二次哭庙的，对于他也没有人注意。按说是根本不会抓到他的，周大柱在无锡没有找到他，也没有交代让人去寻找。结果蒋如斗自己却跳了出来，就在周大柱回来的时候，他听说周大柱抄了蒋家，还将抓进的儿子也押回了苏州。
听到这个消息，蒋如斗顿时怒了。于是一气之下，也跟着金圣叹出来对抗。当天哭庙没有去，后面起了冲突后，几次在苏州城里闹事，都有蒋如斗参与。而且他自己还十分高调，没办法，他的家都被抄了，他这是记的啊。结果本来不起眼的蒋如斗，因为汪士荣想要表现，所以也就被当成典型抓了起来。
江苏的形势，越闹越严重。身在南京的众人，也都坐不住了。钱谦益接到朱国治的书信后，立即就给金圣叹去了信。但是效果不大，没过几天，就又听见金圣叹还闹出了哭庙的事情来。
听到这个消息，顿时钱谦益更加着急了。朱由栋根本就不是天启和崇祯能比的，用这样的手段，根本就不能让朱由栋退缩。朱由栋是经历战事过百的人，心智早已经坚如磐石。做事更是心狠手辣，不会有任何顾忌。和这样的领导共事，躲还来不及呢，哪里还能用这样的方法来要挟。
何况之前朱由栋就已经明确的表示过，对江南士绅没有好感。清欠的事情，经过几次讨论，钱谦益也知道，是绝对不会改变的。何况朱由栋，对获有满清功名的士人都十分排斥的。金圣叹虽然没有满清功名，但是在满清那里也是有名的人物。你不好好的躲着，现在居然跳出来闹事，这不是找死吗？
见钱谦益一副愁眉苦脸的样子，柳如是道：“你现在怎么也算是朝廷重臣了，何不去向殿下求求情呢？就算不能保住他的功名，只要能保住金圣叹的性命也是好的。他怎么说也是你的侄子，要是放任不管，到时候天下的人还不知道该怎么看待夫君呢？”
钱谦益叹看口气道：“现在的情况不同，殿下心智坚定，他觉得的事情，很少有人能改变。而且我虽然是挂名礼部侍郎，但不过是一个虚职。对于礼部的事情，我看就是扶阁老都没有多大的权利。殿下都不是很听从扶阁老的谏言，何况是我。就算是我去求情，也未必能保住他的性命。”
柳如是道：“可是不去救也不行啊，我们总不能眼睁睁的看着，让金圣叹丢了性命吧。难道现在就没有办法了吗？”钱谦益摇了摇头道：“现在还能有什么办法，最好就是立即将金圣叹，给弄出江南去。现在复明军还没有采取行动，只要我们动作快，我们还有机会。一旦等殿下动手，说什么都来不及了。”
柳如是道：“那把他弄去那里？难道让他去满清那里吗？”钱谦益道：“也可以不用去，只要不在江南。让他去江西，去浙江游学。只要不和这事扯上关系，殿下应该不太过为难他。”
想到这里，顿时钱谦益也坐不住了，当即道：“不行，我要去一趟，其他人去了，估计金圣叹不会听。只有我去，才能让他离开。你们在家里，不管出了什么事，也不要参与，等我回来再说。”
就在两人商议这要离去的时候，朱由栋的亲兵却来叫两人，让他们立即去见朱由栋。两人没有办法，只好先去见朱由栋。等两人一来，才发现这里已经有好几人了。扶纲，袁廓宇，洪育鳌和张煌言都在。
面对突然出现的柳如是，顿时众人都有些诧异。朱由栋见两人到来，先让两人坐下。然后道：“今天叫大家来，有些事情让大家商议一下。”说着就先将复明军被打死了十几人的奏疏交给了众人。
等众人都看过后，朱由栋才道：“这事，你们怎么看？”还是扶纲先说话，道：“殿下，这事情对于大家都不好，但是复明军有了丧亡，对肇事者还是要严加处理的。不过臣有些奇怪，苏州城里出现这样的事情，不是捕快衙役去处理。反而是守城的复明军来出面，似乎有些不合常理。”
袁廓宇却不同意，又见朱由栋听了扶纲的话，虽然没有出口反对，但其表情已经有所变化。当即反对道：“殿下，我不同意扶阁老的话。复明军将士虽说是防守城池的，但面对城里发生了这样的事情，也不能不管。而且当时，江苏巡抚已经被暴起的百姓和学子，围在了人群中间。要是当时复明军不出动，朱国治很有可能当时就会被打死了。”
洪育鳌也道：“是啊，一定要严惩杀害复明军将士的凶手。否则到时候，复明军将士没有死于抗清，反而是，被他们保护的百姓给杀死了。等这样的消息传开，这对复明军将士也有不小的影响。其他复明军将士要是知道这件事后，恐怕军心也会不稳。”
钱谦益由于金圣叹的关系，当即道：“殿下，复明军的将士有了丧亡，这肯定是不幸的事情。但是这哭庙一事，本来就是江南百姓的风俗。一旦有官员不作为，在江南为非作歹，百姓定会用哭庙来反对的。这也是朱国治治理江苏不力，才导致这些士绅哭庙的。”
袁廓宇当即反对道：“这些都不是理由，难道这就是，他们打死复明军将士的理由吗？复明军将士没有动手伤害百姓，只是为了平息暴乱，怎么反而被打死了呢？”扶纲道：“这些都是在所难免的，都说吵架无好言，打架无好拳。就算是误伤也不为过，而且这些人都是士人，是朝廷将来治理天下的栋梁。”
这时，代替林壮作为军情司统领的沈士杰进来，手里还拿着基本奏疏。朱由栋没有说什么，只是让沈士杰将奏疏递了过来。然后对扶纲的人道：“你们继续，你们都是怎么看的，都说说。”
朱由栋接过奏疏观看的时候，钱谦益道：“对，他们都是大明将来的栋梁，如果学子不能为民请命，那么他的书也就白读了。再说，现在大明刚刚光复江南，更应该尽快的平定地方，让艰难恢复生产。以便将来为大军北伐，积蓄粮草辎重。千万不能因为区区十几条性命，就乱了阵脚啊。”
一直没有说话的张煌言顿时怒道：“放屁，这是什么论调？我虽然一直不赞同彻底与江南士绅为敌，但要是江南士绅自己胡来，也绝对不可以。”张煌言是带过兵的，当然知道不能影响军心，否则军心动摇，到时候可就大事去矣。
扶纲道：“苍水，你不要激动。怎么能是士绅自己胡来呢？本来之前我就不赞同清欠，现在果然闹出人命来了。我觉得还是应该停止清欠，安抚士绅才是。”袁廓宇道：“扶阁老，你这话不对。你想想，当初在云贵的时候，就是因为军队和朝廷不能一心，才导致了大军不断败退。我们现在要吸取教训，不能重蹈覆辙。”